יש לקחת בחשבון שני היבטים: פירות המאוחסנים לאורך זמן ופסולת פירות. זבובי פירות יכולים לצאת מפירות המאוחסנים זמן רב אם הבוגרים מטילים ביצים על פני הפרי, אשר בוקעות לזחלים ולאחר מכן מתפתחות לבוגרים עם הזמן. פסולת פירות יכולה למשוך גם זבובי פירות אם היא מכילה שמרים, שאותם הם יכולים לחוש מרחוק. בנוסף, זבובי פירות יכולים להיכנס בקלות לבתים דרך חורים קטנים במסכי חלונות. כדי לשלוט בזבובי פירות, מלכודות עם פיתיון וקרשים דביקים יכולים להיות יעילים.
